Avec plus d’un millénaire d’histoire, le Moyen Age constitue la plus longue des périodes historiques. Subdivisée en Haut Moyen Age (450-1000), Moyen Age "Central" ou "Beau" Moyen Age (1000-1300) et Bas Moyen Age (XIVème et XVème siècle), l’époque médiévale eut pour originalité, entre autres, de rattacher l’entité géopolitique apparue au XIème siècle (le comté de Bourgogne) au Saint Empire romain germanique, jetant ainsi les bases de la caractériqtique politique de la région jusqu’à son rattachement à la France en 1678.

Le Haut Moyen Age : la Séquanie burgonde (450-1000)

Au cours de ce demi-millénaire, les terres comtoises connurent la pénétration des invasions étrangères, le développement de la christianisation et la formation d’une principauté : le Comté de Bourgogne.

– 450-460 : Début de l’invasion alamanne et de la "contre invasion" burgonde.

– 457 : Après la mort du général romain Aetius, leur défenseur, les séquanes renoncent à la lutte et ouvrent leurs portes aux Burgondes, les plus évolués parmi les Barbares qui les entourent. La province des Séquanes fut incorporée à leur royaume, entre le Vème et le XIème siècle, à travers de nombreuses vicissitudes.

– 476 : L’Empire romain d’Occident s’effondre sous les coups des Barbares. Gondebaud, roi burgonde érudit et puissant, instaure une législation réglementant la vie sociale et les relations entre Burgondes et Romains.

– 502 : La loi Gombette renforce considérablement le droit de propriété au point de punir de mort tout voleur. Le mariage est pris très au sérieux et les mesures contre le divorce sont dissuasives : le mari qui abandonne sa femme doit lui laisser la maison et les biens ; la femme qui abandonne son mari est étouffée dans la boue !

– 534 : Conquête franque du royaume burgonde.

– 590 : Colomban s’installe au pied des Vosges.

– 600 : Etablissement des Alamans Warasques.

– 613 : Passage sous la domination neustrienne.

– 625-660 : Donat, pasteur de Besançon.

– 673-675 : EbroIn et Léger emprisonnés à Luxueil.

– 753 : Le pape Etienne II, allant chercher un appui auprès de Pépin le Bref, passe par la province.

– 793 : Famine en Bourgogne.

– 811-829 : Bernoin, archevêque de Besançon.

– 843 : Partage de Verdun.

– 870 : Partage de Meersen.

– 871-877 : Charles le Chauve traverse trois fois la province.

– 879-880 : Domination de Boson.

– 886-887 : Incursion normande (?)

– 888 : Début de la domination de la maison rodolphienne.

Au Xème siècle, la prospérité carolingienne est ruinée par les invasions. Le pays se hérisse de châteaux forts. L’autorité de fait s’y trouve exercée par les comtes ou ducs. La Bourgogne s’ordonne en deux grandes divisions : les pays jurassiens forment le comté de Bourgogne, qu’on appelle aussi la "Comté" et les pays de Saône, réunis dans le duché de Bourgogne ou "Duché".

– 926-937 : Invasions hongroises.

– 930-945 : Aubry 1er, comte de Mâcon, prend pied dans le Jura.

Le Moyen Age central : L’Empire germanique (XI-XIIIème siècle)

Pendant ces trois siècles d’essor, le Comté de Bourgogne se renforça et vécut distinct du Comté de Montbéliard, qui le jouxtait au nord.

– Vers 982-1026 : "Principat" d’Otte Guillaume, premier comte de Bourgogne.

– 1031-1066 : Episcopat de Hugues de salins.

– 1032 : Apprès la mort de Rodolphe III, dernier roi de Bourgogne, le Comté de Bourgogne passe avec l’ensemble du royaume dans la mouvance impériale germanique, avec à sa tête l’empereur Conrad II de Germanie. Sous l’autorité lointaine et peu effective de l’empereur, le pouvoir fut exercé par les comtes de Bourgogne qui se heurtèrent aux barons et seigneurs locaux. En outre, les autorités ecclésiastiques, qu’il s’agisse de l’archevêque de Besançon, dont le prestige avait été rehaussé depuis la nomination de Hugues de Salins, ou des nombreux monastères fondés par les Bénédictins, les Cisterciens ou les Chartreux, avaient réussi à s’emparer d’une partie des pouvoirs. Enfin, à partir du XIIIème siècle apparaît un mouvement d’émancipation communale, soutenu par certaines grandes familles, comme celle des Chalon.

– 1101 : Croisade au cours de laquelle meurent le comte Renaud II et son frère Hugues, archevêque de Besançon.

– 1105 : Création, après partage, du Comté de Montbéliard.

– 1119 : Fondation de Bellevaux, première abbaye cistercienne dans le diocèse de Besançon.

– 1119-1124 : Souverain pontificat de Calixte II, issu de la famille comtale.

– Vers 1130 : Début du mouvement des chanoines réguliers.

– 1156 : Frédéric Barberousse épouse l’héritière du comté, Béatrice.

– 1200 : Mort d’Othon 1er, fils de Barberousse, comte palatin.

– 1224 : Création d’une commune jurée à Besançon, rapidement supprimée. Arrivée des Dominicains à Besançon.

– 1237 : Echange entre le duc de Bourgogne et Jean de Chalon. Celui-ci cède les comtés de Chalon et d’Auxonne contre la seigneurie de salins et d’autres fiefs comtois.

– 1255-1259 : Révolte de Bisontins contre l’archevêque, soutenue par les barons comtois.

– 1267 : Mort de Jean de Chalon, dit l’Antique.

– 1288 : Concession du péage de Jougne à Jean de Chalon-Arlay par Rodolphe de Habsbourg.

– 1289 : Campagne de Rodolphe de Habsbourg contre Montbéliard, puis contre Besançon.

Le Bas Moyen Age : De l’Empire à la France (XIV-XVème siècle)

Marqués par une série de difficultés, les XIV et XVèmes siècles virent à deux reprises la mainmise française sur le comté de Bourgogne (1295-1330 et 1477-1493) et le rattachement de ce dernier au duché voisin (1330-1361 et 1384-1477)

– 1295 : Le Traité de Vincennes, conclu entre le comte et le roi de France Philippe le Bel, marque le passage officiel de la province sous l’influence de la France, entraînant une révolte des barons comtois. Une ère de paix et de prospérité s’instaure ensuite. Le développement des institutions monastiques dans la région contribue largement à cet essor en favorisant de nouveaux foyers de peuplement et la mise en valeur des terres agricoles. Ce renouveau religieux marque également la période de construction d’une série d’édifices romans, puis gothiques.

– 1296 : Etat des fiefs du comté dressé sur l’ordre du roi de France.

– 1301 : Soumission des barons comtois à Philippe le Bel.

– 1307 : Mariage de Jeanne de Bourgogne avec le futur Philippe V le Long.

– 1314-1322 : Philippe V le Long, comte de Bourgogne.

– 1314 : Exécution du grand maître des Templiers, Jacques de Molay, originaire du comté de Bourgogne.

– 1318 : L’extinction de la branche des comtes directs fit entrer la comté dans l’orbite de la France, en l’associant à la Bourgogne ducale. Jeanne de France, petite-fille du dernier comte, Otton IV (mort en 1303), et fille de Philippe V et de Jeanne de Bourgogne, épousa, en 1318, le duc de Bourgogne, Eudes IV. Dès lors s’ouvre la période bourguignonne, qui se prolongera jusqu’en 1493. L’influence française se fait sentir dans les institutions nouvelles dont est doté le comté : un conseil exécutif, un parlement, corps surtout judiciaire, des États, réunis depuis 1389 à intervalles plus ou moins réguliers pour satisfaire aux besoins financiers du duc, une université à l’existence intermittente. Tous ces corps siègent à Dole, capitale du comté, tandis que Besançon, ville libre, en est la capitale religieuse. Toujours à l’image de la France sont créés trois bailliages, celui d’Amont (Gray), celui d’Aval (Salins), celui du Milieu (Dole). En dépit d’escarmouches avec la noblesse locale, qui dut accepter de se soumettre, en dépit de conflits dont le plus sanglant fut celui qui opposa le duc aux Écorcheurs (1437-1445), la période bourguignonne favorisa l’essor économique : apparition de papeteries et de forges le long des rivières, développement du port de Gray, sécurité sur les routes où circulaient les convois de sel (Salins, Lons-le-Saunier) et de vin (Arbois), embellissement des villes dont témoignent des églises comme Saint-Anatole de Salins, Saint-Just d’Arbois et la collégiale de Dole.

– 1322-1330 : Gouvernement de Jeanne de Bourgogne et sa mère Mahaut d’Artois.

– 1330-1349 : Eudes IV, comte de Bourgogne. Union de de la Comté et du duché.

– 1337 : Début de la guerre de Cent ans, terminée en 1453 : la Comté est alors ravagée par les Anglais.

– 1349 : La peste noire dévaste la Comté.

– 1349-1361 : La Comté aux mains de Philippe de Rouvres, Jeanne de Boulogne et Jean II le Bon.

– 1358 : Première session commune des états de la province.

– 1360 : Traité de Brétigny ; arrivée des Grandes Compagnies en Franche-Comté.

– 1361-1382 : Marguerite de flandre, comtesse de Bourgogne.

– 1366 : Le nom de "Franche-Comté" apparaît pour la première fois dans un acte officiel. Il exprime, tout comme les "Franches-Montagnes" en Suisse, l’attachement des habitants à leurs libertés.

– 1382-1384 : Louis de Mâle, comte de Bourgogne.

– 1384-1404 : Philippe le Hardi, (fils du roi de France Jean le Bon) qui a déjà reçu le Duché, épouse l’héritière de la Comté et prend ainsi possession de toute la Bourgogne. Il ouvre la fameuse dynastie des "grands ducs", dont la puissance a dépassé celle des rois de France. Ses trois successeurs sont Jean sans Peur, Philippe le Bon, Charles le Téméraire. En Comté, ils matent durement la noblesse locale attachée à son indépendance, renforcent l’autorité du Parlement et des Etats, protègent les arts et les lettres.

– 1396 : Croisade contre Bajazet et désastre de Nicopolis.

– 1397 : Henriette de Montbéliard épouse un comte de Wurtemberg et apporte en dot à son mari le comté de Montbéliard.

– 1404-1419 : Jean sans Peur, comte de Bourgogne.

– 1419-1467 : Philippe le Bon, comte de Bourgogne.

– 1422 : Création du bailliage de Dole ; fondation de l’université de Dole.

– 1455 : Philippe le Bon déclenche une campagne de rédaction de terriers dans le domaine comtal.

– 1459-1460 : Publication des coutumes de Franche-Comté.

– 1461 à 1483 : Louis XI, roi de France.

– 1467 : Charles le Téméraire, comte de Bourgogne.

– 1476 : Défaites de Grandson et Morat.

– 1477 : Pénétration des forces françaises en Comté, mais cette courte occupation se solde par un échec.

– 1479 : Destruction de Dole.

– 1482 : Traité d’Arras ; rétablissement de la paix.

– 1484-1485 : Impressions salinoises du Bréviaire et du Missel de Besançon.

– 1493 : Lors du Traité de Senlis, le Comté de Bourgogne revient à la maison des Habsbourgs. A la mort de l’empereur Philippe le Beau, son fils Charles d’Autriche (futur Charles Quint) est très jeune et le pouvoir est confié à Marguerite d’Autriche qui va gouverner avec une sagesse souveraine.