Traditionnellement dénommés "Epoque moderne", les XVIème, XVIIème et XVIIIème siècles comtois offrent une histoire très contrastée. A un XVIème siècle de paix et de prospérité s’oppose le XVIIème siècle marqué par des guerres et le rattachement de la province à la France (1678). Le XVIIIème siècle apporta à nouveau la tranquilité, jusqu’au moment où la Révolution française allait amorcer le début de l’époque contemporaine.

Le XVIème siècle

– 1500 : Le parlement de Dole est rétabli.

– 1503 : Voyage de Philippe le Beau en Comté de Bourgogne.

– 1511 : Ligue héréditaire conclue avec les Cantons suisses.

– 1519 : Charles d’Autriche, qui possède déjà la Comté et les Flandres (héritage de son père), devient roi d’Espagne (héritage de sa mère) et hérite à la mort de Maximilien des domaines des Habsbourgs. A 19 ans, il est élu empereur d’Allemagne sous le nom de Charles Quint. Sous son règne, la Comté est heureuse et prospère, l’artisanat et le commerce se développent. Intégrée dans un immense Empire sous l’autorité des Habsbourgs, malgré la lourdeur de la bureaucratie et l’éloignement de l’autorité, la Franche-Comté vit dans une autonomie qui se traduit par une représentation de la noblesse locale dans les organes décisionnels. Le parlement est composé de familles comtoises dont la plus illustre est celle des Granvelle. Pendant toute cette période, l’exploitation des gisements minéraux, le développement des industries du fer, les progrès de l’agriculture (fabrication du fromage) apportèrent la prospérité au pays et à ses habitants. Une architecture civile, inspirée de la Renaissance italienne, s’implante dans les villes, en particulier à Besançon (hôtel Montmartin, palais Granvelle), à Gray (hôtel de ville), à Dole (hôpital). La mainmise des Habsbourg a pour conséquence l’échec total de la Réforme, sauf dans le pays de Montbéliard, rattaché au Wurtemberg. En bordure des cantons suisses, la Franche-Comté devient même un des pôles de la Contre-Réforme.

Au XVIème siècle, l’éclat qui entoure les Granvelle rejaillit sur Besançon. L’ascension de cette famille tient du prodige. Les Perrenot, issus du milieu rural de la vallée de la Loue achètent leur affranchissement et s’installent à Ornans en tant qu’artisans. L’un deux, devenu notaire, envoie son fils Nicolas à l’université de Dole. Il devient avocat et est nommé conseiller au Parlement en 1518. L’ascension sociale se poursuit puisqu’il devient chancelier de Charles Quint, l’homme en qui l’empereur a une telle confiance qu’il l’appelle son "lit de repos". De ses charges successives, il amasse une immense fortune et fait élever un vaste palais à Besançon. Ses fils et gendres occupent les meilleures places en Comté et à la cour et le chancelier prépare son fils Antoine à sa succession : homme d’église et diplomate, le cardinal de Granvelle devient premier ministre des Pays-Bas, vice-roi de Naples et est le seul comtois proche du souverain Philippe II d’Espagne.

– 1522 : Traité de neutralité avec la France.

– 1524 : Guillaume Farel prêche la Réforme à Montbéliard pour la première fois. (Voir la Légende de la Pierre à poissons)

– 1525 : Guerre des Paysans (avril-mai) dans la porte de Bourgogne.

– 1530 : Mort de Marguerite d’Autriche, régente des Pays-Bas et de la Comté de Bourgogne.

– 1532 : Nicolas Perrenot de Granvelle devient garde des Sceaux de Charles Quint.

– 1534-1547 : Construction de l’hôtel Granvelle à Besançon.

– 1538 : P. Toussain installe la Réforme à Montbéliard.

– 1548 (septembre) : Intérim de Charles Quint dans le comté de Montbéliard.

– 1552 : La Réforme est établie à Montbéliard par le duc Christophe.

– 1555 : La paix d’Augsbourg appliquée au comté de Montbéliard.

– 1556 : Abdication de Charles Quint qui laisse la Comté à son fils Philippe II, roi d’Espagne. Celui-ci montre beaucoup moins de sollicitude pour les Comtois.

– 1559 : Marguerite de Parme, gouvernante des Pays-Bas et de la Comté. Le cardinal de Granvelles à la tête de la consulta.

– 1561 : Philippe II rétablit une chambre des comptes à Dole.

– 1564 : Disgrâce du cardinal de Granvelle qui revient en Comté.

– 1567 : L’armée du duc d’Albe traverse la Comté de Bourgogne.

– 1568-1571 : Construction de l’hôtel de ville de Gray.

– 1571 : Réception du Concile de Trente.

– 1574 : Les états tentent de prendre une part plus active au gouvernement de la province.

– 1575 : Echec de la tentative protestante sur Besançon.

– 1586-1636 : Episcopat de Ferdinand de Rye.

– 1586 (mars) : Le colloque de Montbéliard établit définitivement l’orthodoxie luthérienne à Montbéliard.

– 1595 : Tremblecourt et d’Haussonville, puis le roi Henri IV envahissent la Comté.

– 1598 : Après la mort de Philippe II, la Comté revient à sa fille Isabelle qui épouse l’archiduc d’Autriche. La province appartient aux archiducs jusqu’à la conquête française.

Le XVIIème siècle

L’affaiblissement de la monarchie espagnole et l’affermissement de la monarchie absolue en France font de cette région frontière qu’est la Comté une proie convoitée par Richelieu, puis par Louis XIV. Une période sombre s’amorce avec la Guerre de Dix ans, de 1635 à 1644, continue avec la première conquête et se termine avec la seconde, que sanctionne la paix de Nimègue.

– 1601 : Henri IV obtient du duc de Savoie, par échange avec un domaine italien, la Bresse, le Bugey, le Valromey et le pays de Gex.

– 1608 : Miracle de Faverney.

– 1614 : L’arrêt du parlement de Grenoble reconnaît la souveraineté de Montbéliard et celle des Quatre-Terres, et leur indépendance de la Comté de Bourgogne.

– 1618 : Début de la Guerre de Trente Ans entre la maison d’Autriche et la France. Jean-Jacques Chifflet publie Vesontio, civitas imperialis Sequanorum metropolis, illustrata.

– 1621 : Mort de Philippe III d’Espagne. Avènement de Philippe IV.

– 1633 : Mort de l’archiduchesse Isabelle.

– 1635 : Richelieu ordonne d’envahir la Comté qui a donné asile à Gaston d’Orléans, son ennemi. La Guerre de Dix Ans ruine le pays.

– 1636 : Siège de Dole.

– 1643 à 1715 : Règne de Louis XIV.

– 1648 : Le Traité de Westphalie confirme l’indépendance de la principauté de Montbéliard. Mazarin fait évacuer la Comté et lui rend sa neutralité.

– 1650-1723 : Vie de dom Vincent Duchesne.

– 1662-1698 : Episcopat d’Antoine Pierre 1er de Grammont.

– 1664 : Besançon échangé contre Frankenthal perd son statut de ville libre impériale et passe sous la domination espagnole.

– 1665 : Mort de Philippe IV. Avènement de Charles II.

– 1668 : Louis XIV réclame la Comté comme partie de l’héritage de sa femme Marie-Thérèse, fille du défunt roi d’Espagne. Première conquête de la Franche-Comté par Louis XIV. Le traité d’Aix-la-Chapelle la restitue à l’Espagne qui suspend le parlement de Dole.

– 1674 : En guerre avec l’Espagne, Louis XIV fait une nouvelle tentative sur la province et réussit à assurer sa domination : c’est la seconde conquête.

– 1676 : Le parlement rétabli est transféré à Besançon. Création du baillage de Besançon.

– 1678 : Le Traité de Nimègue cède la Franche-Comté à Louis XIV. Besançon devient la capitale. L’histoire de la Comté fusionne alors avec celle de la France. Il assure par ailleurs l’indépendance montbéliardaise, mais est remis en cause sur ce point en 1680 par le parlement de Besançon qui casse l’arrêt de Grenoble de 1614.

– 1680 : Etablissement du séminaire de besançon.

– 1682 : Missionnaires de Beaupré.

– 1691 : Transfert de l’université de Dole à Besançon.

– 1692 : Introduction de la vénalité des charges en Franche-Comté.

– 1696 : Création des cinq présidiaux.

– 1697 : Le traité de Ryswick restitue entièrement la principauté de Montbéliard à son souverain.

Le XVIIIème siècle

– 1699-1700 : Louis XIV fait occuper et annexer les Quatre-Terres de la principauté de Montbéliard ; persécutions anti-protestantes.

– 1709 : Complots anti-Français.

– 1715 à 1774 : Règne de Louis XV. Jusqu’en 1789, l’histoire comtoise se traduit par une résistance aux décisions qui émanent de la cour de Versailles.

– 1742 : Création de l’évêché de Saint-Claude après sécularisation de l’ancienne abbaye.

– 1746 : Nicolas Nicole : début des travaux de la Madeleine de Besançon.

– 1748 : Le Traité de Versailles, relatif à Montbéliard, réglementant le contentieux non enregistré par le parlement de Besançon.

– 1750 : Un Français du royaume, M. de Quinsonas, est nommé premier président du parlement. Culture de la pomme de terre à Montbéliard.

– 1752 : Fondation de l’Académie des sciences, belles-lettres et arts de Besançon.

– 1759 : Conflit entre le parlement et l’intendant Bourgeois de Boynes. Exil de trente parlementaires.

– 1761 : Départ de l’intendant de Boynes, remplacé par Lacoré, intendant de 1761 à 1784. Retour des exilés.

– 1764-1765 : Conflit entre le pouvoir royal et le parlement à propos de la réforme municipale de Laverdy.

– 1769 : Naissance de Georges Cuvier à Montbéliard.

– 1771 : Un nouveau parlement est installé, la chambre des comptes de Dole est supprimée et remplacée par un bureau des finances établi à Besançon.

– 1771-1778 : Construction de l’hôtel des Intendants à Besançon (actuelle préfecture).

– 1773 : Ecole de peinture et de sculpture à Besançon.

– 1774 : Règne de Louis XVI.

– 1775 : Rappel de l’ancien parlement.

– 1775-1779 : Construction des salines royales d’Arc-et-Senans.

– 1777 : Première usine d’horlogerie de Frédéric Japy

– 1779 : Le parlement refuse d’enregistrer l’édit sur la main-morte.

– 1784 : Conflit entre le parlement et les avocats.

– 1787 : Le parlement refuse d’enregistrer l’édit sur l’état civil des protestants.

– 1788 : Enregistrement forcé de la réforme Lamoignon et des édits refusés jusque-là.